DNALinux - conheça a distribuição do linux para trabalhar com Bioinformática


DNALinux - conheça a distribuição do linux para quer trabalhar com Bioinformática

Distro Linux para o mercado de Bioinformática, DNAlinux é feito para rodar em uma máquina virtual e vem com todos os software pré-instalados.

Esta edição é chamado Py4Bio porque é a distribuição Linux incluído no livro de Bioinformática - Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)

O que é Bioinformática mesmo?

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Continuando...

É o estudo de química, física, biologia, ciência da computação, informática e matemática/estatística para processar dados biológicos ou biomédicos.

Buscando tratar os dados, é necessário desenvolver softwares para, por exemplo: identificar genes,

Prever a configuração tridimensional de proteínas, identificar inibidores de enzimas, organizar e relacionar informação biológica, simular células, agrupar proteínashomólogas, montar árvores filogenéticas, comparar múltiplas comunidades microbianas por construção de bibliotecas genômicas, analisar experimentos de expressão gênica entre outras inúmeras aplicações.
A bioinformática combina conhecimentos de química, física, biologia, ciência da computação, informática e matemática/estatística para processar dados biológicos ou biomédicos.

DNALinux - conheça a distribuição do linux para quer trabalhar com Bioinformática
Buscando tratar os dados, é necessário desenvolver softwares para, por exemplo: identificar genes, prever a configuração tridimensional de proteínas, identificar inibidores de enzimas, organizar e relacionar informação biológica, simular células, agruparproteínas homólogas, montar árvores filogenéticas, comparar múltiplas comunidades microbianas por construção de bibliotecas genômicas, analisar experimentos de expressão gênica entre outras inúmeras aplicações.

Indagação do Suporte Ninja...
Já pensou o atraso no desenvolvimento humano se um pesquisador tivesse que pagar por uma licença para poder pesquisar? Quanto custaria? $20.000,00? $30.000,00 dólares?

O que é o DNALinux? é uma distribuição Linux com vários softwares voltados para estudos em Bioinformática pré-instalados.

Acreditamos que este distro enche um nicho vazio. O software especializado normalmente é lançado apenas o código fonte, para a instalação é necessario compilar e baixar pacotes adicionais, o que não é fácil em Linux.
A maior parte dos pesquisadores, não consegue instalar (que é verdade particularmente para pessoas leigas em linux). Como contamos antes, todo o software é pré-instalado. Desde que o distro trabalha do CD, você pode instalar o sistema operacional ou então rodar como Live-CD mesmo, nenhuma modificação permanente vai ser feita ao seu sistema operacional instalado (a menos que você particione o disco rígido e instale o DNAlinux).
DNALinux - conheça a distribuição do linux para quer trabalhar com Bioinformática

VMWare você pode rodar Linux e Windows lado a lado.

DNAlinux também já vem com o servidor web instalado. Você não tem que instalar e configurar um servidor web Apache, PHP, SQL e ainda instalar programas CGI! O DNALinux já tem todos esses programas instalados e prontos para serem usados.

O que é DNAlinux Virtual Desktop (VD)?

DNAlinux VD é uma máquina virtual pré-configurada (VM) com aplicativos direcionados para bioinformática (tanto para analise de  DNA ou análise de proteínas).  Utilize a máquina virtual  VMWare player. O VMWare player pode ser executado em máquinas Windows e uma vez que a VM roda como um aplicativo do seu sistema operacional, e o que você faz com DNAlinux VD não altera nada no computador host para que você pode ter dois ambiente de trabalho (DNAlinux e Windows ao mesmo tempo no computador).

No topo de programas Linux habituais, entre os software voltados para Bioinformática do DNAlinux estão incluídos:
ApE- A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3 (and a working web interface, primer3plus), Rasmol, Readseq e muitos mais . Clique aqui e veja uma lista completa.

Requisitos mínimos de hardware:

Pentium IV ou melhor
1 GB de RAM
20 Gb de espaço em disco
Software:
Windows XP, Vista ou Linux

Qualquer duvida sobre instalação ou utilização dos aplicativos do DNAlinux podem ser encontrados NESTA PÁGINA.


Conheça Também a nova linguagem de programação criada pelo MIT que permite modificar as funções de células vivas já existentes ou adicionar novas funções.


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Pablo Roots

Usuário de MS-DOS e Windows 3.11, profissional de Suporte desde 1999, autodidata e entusiasta da cultura Hacker, Pesquisador autônomo da Segurança da Informação além de amante da Shell Unix. [email protected] ~$ sudo su - [email protected] ~# find / -iname corrupção -exec rm -rfv {} \+

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